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Después de pasar por los juveniles del Aurrerá de Vitoria y el Ath. Bilbao, Baroja recala en la temporada 1989/90 en el Guernika de Tercera División. Al año siguiente juega con la U.D. Melilla ya en Segunda B, categoría donde también militaría con la S.D. Lemona y el Recreativo de Huelva.
Tras destacar con los onubenses, Baroja es pretendido por distintos equipos de superior categoría fichando, finalmente, por el Rayo Vallecano, equipo con el que consigue el ascenso a Primera División en donde milita al año siguiente disputando 33 partidos (30 de titular).
En la temporada 1996 ficha por el Mérida (2ªA) antes de firmar por dos temporadas por al Albacete Balompié donde solo llegó a cumplir la primera. En la 1998/99 llega al Hércules C.F. que precisamente ese año desciende a Segunda B. Permanece en el equipo alicantino hasta la campaña 2001/2002 para después iniciar un largo peregrinaje por equipos de la costa levantina: Benidorm, Torrellano, Novelda, Jove Español de San Vicente, Finestrat y Benissa, equipo este último donde se retira en la temporada 2008/2009.
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