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Balaguer se formó en las categorías inferiores del Valencia pero, no llegó nunca a debutar con el primer equipo ché.
En la temporada 1990-91, de la mano de Benito Floro, llega al Albacete en busca de oportunidades, pero ese año (el del histórico ascenso a primera) y el siguiente se encuentra con el mundialista Conejo que le cierra el paso a la titularidad.
En la temporada 1992/93 le gana el puesto al navarro Jesús Unanua encajando 34 goles en 25 partidos. Al año siguiente y con Victor Espárrago en el banquillo y, aún a pesar de haber sido repescado de nuevo Conejo, el valenciano juega con asiduidad. Sin embargo, la temporada siguiente Balaguer se ve relegado al banquillo tras el fichaje de Molina y tras disputar tan solo 5 encuentros.
En el movido verano del año 1995 en el que se vive el ascenso administrativo de Celta y Sevilla, Balaguer está a punto de abandonar el club en dos ocasiones antes de comenzar el campeonato. Su contrato estipulaba una claúsula por la que si el equipo perdía la categoría, el jugador podía optar entre obtener la carta de libertad o permanecer en el Albacete reduciendo un 40% sus emolumentos. Finalmente el guardameta se decidió por esta segunda opción, animado, por la posibilidad de convertirse en el portero titular tras la marcha al At. Madrid de Molina.
En el verano de 1996 ficha por el C.P. Mérida y, al año siguiente por el Levante ambos en segunda división y, equipos en los que también es suplente. Finalmente recala en el Real Murcia donde cuelga las botas en 1999.
Desde el año 2002 hasta el 2007 siguió vinculado al Alba como entrenador de porteros viviendo el segundo ascenso a primera división (esta vez desde el cuerpo técnico). En la temporada 2009-2010 pasa a desempeñar esta misma tarea en el C.D. Castellón.
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