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Ha dirigido en Primera División al Albacete y al Sevilla. También entrenó en Bolivia al Bolívar de La Paz. Fue el tercer técnico del Sevilla en la temporada 96-07, tras Camacho (destituido) y Bilardo (renunció al cargo al mes de estar en Sevilla). Dirigió al equipo hispalense desde la jornada 27 y no pudo conseguir la permanencia en primera, a pesar de esto, la directiva sevillista decidió renovar su contrato para la temporada 1997/98. En agosto de 1997, en plena pretemporada, Rubio presentó su dimisión. La directiva sevillista consiguió que continuara en el cargo bajo la promesa de que le dejarían trabajar tranquilo, algo que no ocurrió. Fue destituido en octubre de 1997 tras el partido de la sexta jornada de liga.

Regresó al Alba en diciembre de 1998 como director deportivo, destituido Luigi Maifredi, la directiva recurrió a él para hacerse cargo del equipo hasta el final de la temporada 1998/99. Cuando tomó las riendas de equipo éste estaba a cuatro puntos del descenso. El Alba-Leganés (0-0) de la jornada 34, disputado el 25 de abril de 1999 fue el primer partido que dirigió. Continuó en el Albacete dos temporadas más 1999/2000 y 2000/2001. Con un parón de 4 partidos al final de la primera de las dos temporadas en la que fue operado de una grave enfermedad.

Como técnico usa preferentemente, un 4-4-2 y le gusta el fútbol alegre, aunque a veces utiliza un 4-1-4-1. Coloca la defensa en línea, y en el medio del campo suele mezclar jugadores de clase y talento con otros de índole más defensivo. Le gusta el toque y cuando el equipo juega fuera de casa utiliza el contragolpe como arma para desbordar a las defensas contrarias, acompañado por delanteros rápidos y habilidosos.